樱桃番茄（Var.cerasiformeAlef）
番茄的祖先是樱桃番茄（L.esculentumVar.cerasiforme），樱桃番茄是惟一在南美以外发现的野生番茄，樱桃番茄比其他普通番茄属的种能更好地适应热带潮湿的条件。现在的番茄品种与野生的樱桃番茄之间，有密切的亲缘关系。这两种类型很容易互相杂交。
植株生长强健，茎蔓性，体表被有细而短的黄色茸毛（长2.5mm）。叶大。缺刻深、裂片长、先端渐尖，间裂片为椭圆形、卵圆形或圆形。花序主要为单总状，或长或短，花数较少，主要由5花被组成，少数有6花被的。花萼与花瓣几乎等长。子房球形，柱头短或与雄蕊等长。果实为球形，有火红。深黄等颜色，子室为2，果实光滑或有毛茸，种子心脏形。有茸毛。
这一变种具有广泛的分布区：在墨西哥、中美洲。秘鲁等地均有分布。樱桃番茄果实味酸，广泛应用于罐头食品中，也可作为选育抗病品种的原始材料。
二、梨形番茄（Var.pyriformeAlef）
植株生长中强，茎直立或蔓生，光滑或被有毛茸，叶中大到大。花序主要为单总状的。少数有强烈的分枝，花少数，偶有多数。花萼短于花瓣。花瓣渐尖到椭圆。子房长形，柱头短或与雄蕊等长，果实为2室，偶有3室的。果形指数为1.5～2.0，果色有红色、黄色。粉色等，心脏形，有茸毛。
梨形番茄与球形番茄杂交所得后代呈椭圆形、长圆形及卵圆形；与栽培品种杂交得到的后代变异很大，由此提供了很大的选择性，可以获得许多有价值的品种。
三、李形番茄（Var.pruniforme）
植株生长中强，茎高130～150cm，叶中等大小，裂片缺刻深，花序单总状。较短，长8～10cm。花少，7朵左右，花中等大小，有5～6个花瓣，直径2cm，花柱长短与雄蕊相等。果实小形（长2.5～3.0cm，宽1.5～2.0cm），果形指数为1.5～2，子室2。果重15～20g，果色有红、黄、粉红色等，种子少。
四、长圆形番茄（Var.elongatum）
植株生长中强，茎直立或蔓生，高为70cm，其上被有茸毛，叶中大到大，裂片卵形、全缘。花序有单总状，偶有复总状，花有多有少，通常具有7朵，花被5出，少数有6出者，萼片短于或长于花瓣，花柱等于或长于雄蕊；果实重30～50g，有火红、粉红及深黄等颜色。
该种为食用种，分布较广，具有很高的干物质含量。故为培育加工品种的良好原始材料。同时它对土壤要求不高，适应性较强。
五、普通番茄（Var.vulgare）
植株生长强健，茎有蔓性、半蔓性或矮生性。分枝性有弱有强，体表有茸毛，叶片中大到大，具有不整形的缺刻。叶色从浅绿到深绿，叶边缘有钝锯齿到尖锯齿。花序有总状或复总状，花从少数到多数。果实有各种形状，各种颜色，大小不一，以及各种成熟期的品种，栽培品种大多数集中在这个变种内。
六、大叶番茄（Var.grandifolium）
植株生长中强，叶系覆盖中等或稀少。茎具蔓生性。被有茸毛，叶大，有似马铃薯叶。所以又称其为薯叶番茄。叶的裂片为1～2对，全缘。间裂片及小裂片缺少。花序呈单总状或复总状。花中，小形，有5—7花被。果实有圆形、扁圆形及扁平形等多种，有的也有椭圆形者。子室从少数到多数。果色有火红。粉红或黄色等多种。
这一变种在栽培品种中为数不多，在经济栽培上井无特殊价值，仅根据叶形的特殊性，而列为一个变种。
七、直立番茄（Var.valiudmBaily）
植株生长强健，呈矮性或中等高度，分枝性强，茎粗状呈直立，节间短，茎上有茸毛。叶柄短，叶色浓绿，皱褶明显。花序从单总状到复总状，花从少数到多数，花从小到大，有5～6花被。果实呈圆球形、扁圆形或扁平形，表面平滑或有菱形。主要有火红色和粉红色果实两种。
八、细叶番茄（Lycopersiconpimpinellifolium（Jus1）Mill）
番茄属的有色果实野生种。在秘鲁海拔较低的地方很容易见到，它的野生种生长在秘鲁全国的海岸山谷地区，在秘鲁北部（南纬7°～8°）的海岸边就可以采集到细叶番茄。围绕着利马河，以及秘鲁最南端靠近智利边界处，也可收集到细叶番茄。
细叶番茄和普通番茄可以相互杂交，亲缘非常接近，这是惟一的野生种表现出与普通番茄的天然渐渗现象。这两种情况都说明了细叶番茄在栽培番茄的进化中起了重要作用，因为现在的品种与它有密切的亲缘关系，并且容易回交。细叶番茄在植物育种上是很有吸引力的种质资源。用细叶番茄为亲本培育出了抗镰刀菌枯萎病和抗细菌性斑点病的品种。